Институт Литовского языка был первым зарубежным научным центром по балтийскому языкознанию, заключившим договор о сотрудничестве с Филологическим факультетом СПбГУ в 1997 году. В 2002 году заключён очередной договор на ближайшие 5 лет.

Летом 2001 года Институт литовского языка участвовал в организации летней практики студентов специализации «Балтистика». Студенты в течение нескольких дней знакомились с основными направлениями научных исследований Института и его архивами, посетили секторы Словаря, Истории языка и диалектологии, Ономастики.